有鑑於國內醫療器材產業人才缺乏，元培醫事科技大學於民國八十三年成立醫學工程科，培育醫工相關技術性人才，初期招收日間部二年制專科生，隨著校務發展、師資擴充與軟硬體設備之提升，醫學工程科於民國八十九年改制為醫學工程系，開始招收四技及二技學生。經過多年來的努力，本系畢業生遍布國內各醫療儀器公司與醫療院所任職，表現深受肯定，為我國醫療產業的發展，貢獻良多。辦學績效更獲得教育部評鑑一等及IEET國際工程教育認證之榮譽。

民國83年8月（1994）設立二年制日間部醫學工程科

民國85年8月（1996）設立二年制進修部醫學工程科

民國89年8月（2000）設立二年制日間部、進修部醫學工程系

民國89年8月（2000）設立四年制日間部、進修部醫學工程系

民國92年（2003）通過IEET國際工程及科技教育認證

民國95年（2006）醫學工程系更名為生物醫學工程系

►本系歷屆科系主任：

     83~85學年度   蔡世傑副教授兼科主任

     86~88學年度   王家鍾副教授兼科主任

     89~90學年度   李嘉陵副教授兼系科主任

     91~93學年度   林阿成副教授兼系主任

     94~96學年度   劉省宏副教授兼系主任

     97~98學年度   丁大為副教授兼系主任

    99~101學年度   傅祖勳副教授兼系主任

   102~106學年度   鄒國鳳助理教授兼系主任   

   107-108學年度   趙文鴻副教授兼系主任   

  109學年度-迄今   王德順副教授兼系主任